A região de Cubatão define-se como uma vasta planície sedimentar, quase ao nível do mar, caracterizada pela presença de manguezais e pela proximidade com as escarpas da Serra do Mar.

A primeira ocupação da região estaria ligada à doação de sesmarias pelo donatário Martim Afonso de Souza em benefício de Rui Pinto em 1553, de Francisco Pinto em 1537 e de Antônio Rodrigues de Almeida em 1567, assim como de concessão de terras, ao sul do rio Cubatão, a colonos comuns e aos jesuítas.

Aponta-se ainda para a possibilidade, mais remota, de ter sido João Ramalho o “desbravador” da região, que teria estabelecido um entreposto comercial na foz do rio Perequê para realizar trocas com portugueses e espanhóis fixados na costa vicentina.

De qualquer forma, Cubatão deve seu crescimento à posição estratégica que ocupa em relação ao caminho que sobe a serra, ligando o litoral ao planalto, à vila de São Paulo. Trata-se de parada obrigatória de comerciantes, de autoridades do reino e de todos os viajantes que chegam à região através dos rios e param ali antes de iniciar a árdua subida da Serra, primeiro pela antiga trilha dos tupiniquins e depois, a partir do final do século XVIII, pela Calçada Lorena, pavimentada de pedras.

Já no século XVII registrou-se o funcionamento do Porto Geral de Cubatão, com alfândega anexa, que teve intensa movimentação comercial por mais de dois séculos, ao lado do qual desenvolve-se um povoado que passa a ser conhecido pelo nome de Cubatão.

Com a inauguração da São Paulo Railway em 1866, ferrovia que estabeleceu a primeira ligação férrea do planalto com o litoral, o porto de Cubatão perde movimento, e levou a localidade à estagnação. Sua população passou a se dedicar à agricultura.

Em 1803, houve uma tentativa de transferência do povoado por meio de uma portaria do então Governador da Capitania de São Paulo, que ordenava sua mudança para a região situada entre os rios Capivari e Sant’Ana. Nesse mesmo ano foi publicado um edital pela Câmara de São Vicente, convidando as famílias de Iguape a povoar as novas terras. Nenhuma dessas medidas teve sucesso.

Porto de Cubatão, com o nome abreviado para Cubatão, foi elevado à categoria de município em 1833, mas sua instalação nunca ocorreu. Em vez disso, em 1841, Cubatão foi incorporado à cidade de Santos.

Mais tarde, em 26 de outubro de 1922, tornou-se distrito desse município, obtendo, somente em 24 de dezembro de 1948, sua autonomia política.